Dej hry Wipeout Fusion sa odohráva v roku 2160 a sleduje medzihviezdny šampionát Anti-Gravity Racing League (AGRL). Hráči sa ujmú úlohy pretekárov, ktorí súťažia v extrémne rýchlych antigravitačných vozidlách na futuristických tratiach.
Hra obsahuje celkovo osem tímov a antigravitačné pretekárske lode, ktoré možno v priebehu hry upravovať a vylepšovať. Každá loď má svoje vlastné štatistiky, ktoré ovplyvňujú rýchlosť, zrýchlenie, odolnosť a ovládanie. Hráči sa musia naučiť správne ovládať svoje lode, aby zvládli zákruty, skoky a ďalšie prvky tratí.
Wipeout Fusion obsahuje celkom 45 tratí rozmiestnených v 7 rôznych prostrediach, ktoré zahŕňajú mestá, púšte, ľadovce a horské oblasti. Počas pretekov hráči zbierajú zbrane a vylepšenia, ktoré im pomôžu získať výhodu nad súpermi. Medzi tieto zbrane patria rakety, strely, míny, štíty a ďalšie.
Wipeout Fusion ponúka niekoľko herných režimov vrátane kariéry, jedného závodu, pretekov na čas a multiplayeru. V režime kariéry hráči postupujú cez rôzne udalosti, preteky a výzvy, získavajú body a odomykajú nové trate a tímy.